Sau khi các anh hùng trong The New Warriors hành động thiếu kinh nghiệm và thất bại trong việc bảo vệ thành phố, các anh hùng gặp phải sự phản đối và chống lại siêu nhân của mọi người trên khắp nước Mỹ. Tony xin đề ra Đạo luật Đăng ký Siêu Nhân, đạo luật bắt buộc các siêu anh hùng phải thông báo danh tính của mình với chính phủ. Những ai chưa có kinh nghiệm sẽ phải theo học một lớp huấn luyện đặc biệt để kiểm soát năng lực của mình. Reed Richards của Fantastic Four đồng ý với đạo luật này, nhưng mọi người thì không. Vì vậy Tony đã lừa đảo mọi người và giả mạo chữ ký của các siêu anh hùng (trong đó có Captain America), gây ra cuộc chiến giữa các siêu anh hùng (Superhero Clivir War). Cuộc chiến kết thúc sau khi Captain America xin đầu hàng để tránh thiệt hại về tài sản và thương vong. Tony được bổ nhiệm làm Giám đốc của S.H.I.E.L.D và lập một tổ chức chính phủ mới để trừng phạt các Avengers. Trong khi đó, Power Man (Luke Cage) lãnh đạo những người khác lập ra nhóm New Avengers tiếp tục bất chấp đạo luật và hoạt động dưới lòng đất. Ngay sau đó, Captain America bị ám sát trong khi đang bị giam giữ, mọi nghi ngờ và trách nhiệm đều đổ hết lên đầu Tony Stark.

Tony dần dần mất đi uy tín của mình và anh công khai phỉ báng các anh hùng khác khi không có mình để ngăn chặn cuộc xâm lăng Trái Đất của một chủng tộc người ngoài hành tinh tên là Skurll (vì Skurll đã vô hiệu hóa công nghệ Stark-Tech của Tony, trong đó có một bản sao ở Bộ Quốc phòng). Sau cuộc xâm lược, chính phủ Mỹ đã cách chức Tony khỏi S.H.I.E.L.D, giải tán hội Avengers và bàn giao quyền sở hữu các công nghệ chế tạo vũ khí của Tony cho Green Goblin (Norman Osborn) - kẻ thù của siêu anh hùng Spider-Man.(Người Nhện)